HEPA过滤器框架上有一圈弹性良好的密封垫圈，与高效送风口紧密贴合。在使用过程中，部分维修和施工人员会站在送风口上。如果不小心，或高效送风口结构强度较差，送风口可能会变形，导致过滤器与密封结构之间出现缝隙。
未经HEPA过滤器过滤的空气从缝隙进入洁净室，会影响洁净度。这种现象在短时间内难以被发现。我们起初以为是HEPA过滤器本身的问题，但经过较长时间后，缝隙周围堆积了灰尘。当发现洁净度超标时，我们首先会打开送风口的均流孔，使用测试仪器检查是否存在泄漏。此外，部分HEPA过滤器的密封垫弹性良好，为无接头的连续半圆形截面，与过滤器安装面呈线接触；而其他HEPA过滤器的密封垫是四个平垫圈，呈面接触。线接触密封效果优于面接触。
当空调箱内的初效过滤器和中效过滤器在没有密封垫的情况下运行时，即使周围存在泄漏也很难被发现。如果泄漏量过大，差压阻力可能会异常增加，但这些初效过滤器所保护的洁净室末端HEPA过滤器无法得到有效保护，使用寿命将会缩短。
有时，初效过滤器的效率并不低，但被保护的HEPA过滤器寿命仍然很短。问题往往出在空调箱内初效过滤器的密封上。虽然不如HEPA过滤器那样严格，但也必须进行密封。空调箱应为过滤器提供可靠的密封结构。应配备性能良好的密封垫圈以及便捷可靠的夹紧机构。如果没有夹紧机构或这些机构未正常使用，空调关闭时回风可能会将过滤器吹落，导致过滤器未到位，这意味着过滤段失效。在现场，初效过滤器的密封和夹紧故障经常发生，受设备问题、过滤器问题或操作问题的影响。
